Conformément à sa mission, l'IFEN vient de publier son bilan regroupant les données 2005. Globalement, la présence de pesticides dans les eaux superficielles et souterraines reste généralisée sur l'ensemble du territoire métropolitain. Ainsi les substances actives recherchées ont été détectées au moins une fois dans respectivement 91 % des points de mesure des cours d'eau et dans 55 % des points de mesure des nappes souterraines. D'un point de vue qualitatif, 64% des prélèvements dans les eaux superficielles présentent une très bonne ou une bonne qualité mais encore 36% sont en classe moyenne (20%), médiocre (6%) ou mauvaise (10%). Autrement dit, dans certains cours d'eau notamment ceux de qualité « Mauvaise », les teneurs en pesticides sont telles qu'elles peuvent affecter de manière importante les équilibres écologiques ou ne peuvent pas permettre l'utilisation de la ressource pour l'approvisionnement en eau potable. Les principaux pesticides responsables des déclassements en qualité mauvaise des points de mesure sur les cours d'eau sont toujours le glyphosate (herbicide connu sous le nom commercial de Roundup), l'AMPA (acide aminométhylphosphonique et produit de dégradation du glyphosate) et deux autres herbicides : le diuron (utilisé sur les cultures fruitières) et l'isoproturon (utilisé sur les cultures céréalières).
Concernant les eaux souterraines, un quart des prélèvements ont une qualité médiocre à mauvaise. Ces aquifères nécessiteraient donc un traitement spécifique d'élimination des pesticides s'ils étaient utilisés pour produire de l'eau potable. Cependant pour 1% des cas, ces traitements ne seraient peut-être pas suffisants. Les teneurs en pesticides sont supérieures aux normes réglementaires et rendent ces aquifères inaptes à la production d'eau potable. Les substances responsables de ce mauvais classement sont, dans le cas des eaux souterraines, des molécules issues de la dégradation de pesticides comme par exemple le desmethylnorflurazon produit de dégradation de l'herbicide dichlobénil.
La situation dans les départements d'outre-mer (DOM) est similaire même si les prélèvements sont beaucoup moins nombreux. Les données proviennent principalement des réseaux d'usage d'eau potable, mais les premiers résultats d'analyses produits par les groupes régionaux phytosanitaires commencent à être traités. Malgré son interdiction depuis 1993, le chlordécone reste le pesticide le plus retrouvé que ce soit dans les eaux superficielles ou dans les eaux souterraines.
Face à ces analyses, l'IFEN se veut prudent et précise que les pourcentages de stations ou d'analyses quantifiées données dans ce bilan ne doivent pas être interprétés en termes de tendances. En effet, le dispositif d'observation des pesticides dans les eaux se renforce d'année en année. Il est donc difficile d'après l'institut de savoir si les évolutions sont dues à une modification de la situation dans les eaux ou à une modification du système d'observation. Ainsi, le nombre de molécules recherchées continue de croître : en eaux superficielles, 489 substances différentes ont été recherchées en 2005 contre 459 en 2004. En eaux souterraines, 707 substances différentes ont été recherchées en 2005 contre 417 en 2004.
L'IFEN rappelle également que les points de prélèvement ne constituent pas un échantillon entièrement représentatif de l'ensemble des cours d'eau et des nappes souterraines du territoire national.
Le parti politique CAP21 est loin d'être aussi précautionneux. Pour son porte-parole Eric Delhaye, la France est assise actuellement sur une bombe à retardement car la dégradation des eaux est lente et inexorable. Pour le parti, ces résultats démontrent que le plan interministériel de réduction des risques lié aux pesticides présenté le 28 juin 2006 n'est pas de nature à enrayer cette évolution. Selon lui, seule la mise en place d'une politique de soutien à l'agriculture biologique et aux systèmes de production intégrées apparaît véritablement efficace pour supprimer ou réduire l'utilisation des pesticides de synthèse. CAP 21 propose de compléter cette politique par l'instauration d'une taxe suffisamment dissuasive sur les pesticides calquée sur l'expérience danoise et la protection immédiate des champs captants stratégiques pour la production d'eau potable.