Dans un premier temps, les Etats membres sont invités à recenser les bassins hydrographiques et les zones côtières à risque. Cette évaluation préliminaire doit informer sur la topographie de la zone, l'hydrologie, l'occupation des sols, les inondations passées, les axes d'évacuation des eaux, les infrastructures artificielles, la localisation des zones habitées, etc. Cette première étape doit être achevée au plus tard le 22 décembre 2011.
Les Etats membres doivent ensuite déterminer pour chaque zone identifiée des cartes liées à la probabilité d'inondation (faible, moyenne ou forte). Les cartes doivent fournir des détails tels que le niveau que pourrait atteindre l'eau, le débit des crues, les activités économiques qui pourraient être touchées, les installations susceptibles de provoquer une pollution accidentelle, le nombre d'habitants qui pourraient être concernés et les dégâts éventuels que pourrait subir l'environnement. Ces cartes doivent être finalisées au plus tard pour le 22 décembre 2013.
Enfin, sur la base de ces cartes, les Etats membres vont devoir établir des plans de gestion des risques. L'accent doit être mis sur la réduction des conséquences négatives potentielles d'une inondation pour la santé humaine, l'environnement, le patrimoine culturel et l'activité économique. Ils devront également englober la prévision des inondations et les systèmes d'alerte précoce et l'encouragement à des modes durables d'occupation des sols, l'amélioration de la rétention de l'eau, ainsi que l'inondation contrôlée de certaines zones en cas d'épisode de crue. Ces plans de gestion devront être opérationnels au plus tard le 22 décembre 2015.
Dans le cas de bassins fluviaux internationaux, les États membres doivent coordonner leur action pour éviter qu'une région ne se défausse de ses problèmes sur une autre. Les Etats membres ont deux ans pour mettre en vigueur les dispositions législatives, réglementaires et administratives nécessaires pour se conformer à cette directive.
Même si elles jouent un rôle naturel de revitalisation du fonctionnement des écosystèmes, les inondations peuvent provoquer des dégâts environnementaux de grande ampleur. La pollution transportée par les eaux des crues peut se propager et atteindre les zones de captage d'eau potable et les grandes inondations peuvent causer des ravages dans les écosystèmes sensibles.
Depuis 1998, l'Europe a connu plus de cent grandes inondations, qui ont fait plus de 700 morts, entraîné le déplacement de plus d'un demi million de personnes et causé plus de 25 milliards d'euros de dégâts. La Commission européenne rappelle que les inondations sont certes un phénomène naturel, mais que l'activité humaine, notamment l'aménagement du territoire, et le changement climatique peuvent accroître la probabilité qu'elles surviennent.