Suite à la décision du Conseil d'État du 7 février, le Gouvernement dispose de six à neuf mois pour retirer les semences obtenues par mutagenèse du catalogue des variétés. « Cela concerne toutes les nouvelles techniques, la mutagenèse dite dirigée, ce qu'on appelle "édition du vivant" ou "new breeding technique", et la mutagenèse in vitro », confirme Guy Kastler, membre de la commission OGM de la Confédération paysanne.
Problème : certaines cultures, comme le colza ou le tournesol, sont déjà ou vont bientôt être mises en culture.
Pour Guy Kastler, « si le Gouvernement attend le dernier moment, les paysans vont semer des colzas qui ne seront pas considérés OGM et qui vont le devenir au moment de la récolte. Donc il faut tout de suite interpeller l'industrie pour qu'elle produise une quantité suffisante de semences alternatives. Si elle refuse de le faire, il faudra qu'elle assume ses responsabilités. »
D'après la Confédération paysanne, seules 2 % des surfaces de colza sont concernées par la nouvelle réglementation. Concernant le tournesol, 142 000 hectares accueillent des variétés rendues tolérantes aux herbicides (VRTH), donc soumises à une évaluation et à des conditions de culture particulières. Certains hectares sont cultivés avec des variétés « clearfield + », dont il est sûr, selon l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses), qu'elles relèvent de la réglementation OGM.
La décision du Conseil d'État est perçue différemment dans la profession. Du côté des agriculteurs, une ligne de démarcation claire apparaît entre les deux organisations paysannes représentées au niveau européen. Pour la Copa Cogina, appuyée par l'industrie semencière, la mutagenèse ne devrait pas être incluse dans la réglementation européenne, tandis que Campesina Europe défend la position inverse. Les sélectionneurs d'animaux et les coopératives céréalières, soucieuses de savoir ce qu'elles commercialisent, se montrent favorables à la réglementation.